长爪猫头鹰部落与针鼹部落之间的战争改编自漫画系列针鼹部落与龙人的战争。 漫画中，龙人创造了翡翠宝石，并以此征服世界。 这点和游戏一样，在游戏中，索尼克潜水后都会出现一个令玩家紧张的倒计时，一旦倒计时结束，氧气耗尽，角色就挂了。

1. 蛋头博士使用翡翠宝石创造的巨型机甲致敬了游戏《刺猬索尼克2》（1992）和《刺猬索尼克3》（1994）的最终Boss。 游戏中的Boss也是由翡翠宝石提供动力，类似于电影中的巨型机器人。 索尼克则重操旧业，再一次打败了蛋头博士。 这次索尼克宇宙中的三位主角悉数登场，狐狸塔尔斯和针鼹纳克鲁斯首次亮相索尼克电影，给粉丝们带来了全新惊喜。 索尼克和纳克鲁斯在翡翠宝石神殿战斗时，索尼克快速轻松地躲避纳克鲁斯的高速拳击，这致敬了电影《索尼克 X》（Sonic X ，2003）中的战斗。
   

在游戏《Sonikku hiirôzu》(2003)中，自索尼克宇宙的三位角色联手对付蛋头博士。 索尼克向汤姆寻求帮助的时候，汤姆的铃声是第一款索尼克游戏《刺猬索尼克